國軍今年初爆發了武漢肺炎軍艦群聚感染事件，為了加強國軍內部的健康管理機制，國防部成立了國軍疫情指揮中心，並在11月10日舉行編成規劃說明記者會。

軍醫局副局長蔡建松少將表示，國軍疫情指揮中心分成疫情監控反應組、防疫宣導組及防疫檢驗組三個作業組，平時落實各項傳染病的監控、預防、訓練、溝通等工作，未來不只監控國軍裡武漢肺炎的疫情，也監控各種高傳染疾病，來確保官兵的健康，維護國防戰力及國軍的士氣。

(國防部軍醫局副局長 蔡建松：
我們的三個組都會跟疾管署的各個組 相對應保持聯繫，配合疫情產生變化的時候，隨著不同等級的開設，那我們國防部也整個配合，(中央)疫情指揮中心不同等級的開設同步開設，不管是軍方的防疫，或民間需要我們協同配合的，都由國防部的疫情指揮中心來調度)

(國防部疫情指揮中心主任 陳怡蓉
我們在疫情指揮中心，監控疾病的部分主要是以法定傳染病為主，另外還有像譬如說水痘，還有一些比較高傳染性，像麻疹 還有流感，這部分比較容易造成部隊群聚的一些疾病，這部分也是我們會放到疫情中心監控的一個範圍)