原健法進入逐條審查，共保留六條院版草案的條文，當中爭論最多的就是衛福部將設置的"專責單位"。依照衛福部目前規劃，是要在照護司底下設置原住民族健康科。但這遭到部分立委質疑，牽涉廣泛的原民健康事務，一個科是否應付得過來？

原住民族健康法各版本草案，1號進入實質審查。行政院版草案重點當中，就有一項要設置專責單位。而衛福部目前規劃，在照護司轄下設置原住民族健康科，引起部分立委擔憂。

(無黨籍立法委員 Giwas Ali (高金素梅) 泰雅族：
你看這麼大的一個，幾乎啦原住民健康教育，通通都在這個大法上面，如果只是按照他們所講的，只是在一個護理跟照護司裡面，底下的一個原民科，他要怎麼處理這邊多的業務 )

包括立委鄭天財、廖國棟紛紛堅持，以立委陳瑩版本提及，設立原住民族健康照護署，主政原民健康事務。但人事總處以及衛福部表示，設立"署"牽涉組織規程，由原健法制定並不符合規範，恐怕要再額外立法。而立委陳瑩則表示，雖然署級單位是委員們的最高理想，但要催生原健法，也與衛福部討論暫時採折衷方式，就是透過原民健康政策會運作。

(民進黨立法委員 Asenay Daliyalrep (陳瑩) 卑南族：
是不是你們(衛福部)，有階段性的一個規劃，所以我在這邊並沒有，看到什麼太不好，或者是太好的很詳細的說明 )

(衛福部長 薛瑞元：
這個(政策會)是涉及到，跨部會跨司署的政策會，這個政策會是由(衛福)部長來擔任主席，所以跨司署的工作，以及跨部會之間的，政策協調會由衛福部 )

原健法院版草案第四條，就提到要定期召開原住民族健康政策會，並由衛福部長擔任主席。而對於組織成員資格，立委們也提案規範，期盼強化政策規劃中，族人的視角。

(國民黨立法委員 Yosi Takun (孔文吉) 泰雅族：
其餘(政策)委員由，我這邊是有加，由原住民意見領袖，公民團體代表 專家學者，醫事人員及部落人士組成，而且原住民身分不得少於1/2 )

(民進黨立法委員 Saidhai Tahovecahe (伍麗華) 魯凱族：
我覺得至少還是要加個協調，希望協調之後就是，要來主管擬定，發布各項行政命令的時候，因經原住民族健康政策會，去做諮詢討論 )

只不過這仍遭高金素梅質疑，政策會僅有諮詢研議功能，缺乏制定及決策權力。對此衛福部表示，草案中有針對未來中長程計畫，放上審議功能，期盼達到族人實質參與。立法後，也將另訂設置要點。但立委仍對政策會運作抱持質疑，後續仍待協商達成共識。