立法院會5月28號三讀修正通過"立法院職權行使法"、"刑法"部分條文等案，相關函文5號送到行政院，對此，行政院邀集學者專家、審視條文，經研議討論後，行政院在6號提出七大原因，認定國會改革法案窒礙難行，依憲法增修條文，提請覆議。而窒礙難行的七大原因包含"沒有實質討論"、"質詢總統違憲"、"聽證範圍過廣"、"違反程序正義"、"無期限審查人事同意權"、"藐視國會定義不明"、"懷疑官員虛偽陳述可課以刑責"。

(行政院政務委員 林明昕:
這一次並不是事實上難行，而是法律上難行，所以我們基於依法行政的觀點，我們只能提出覆議，否則我們就變成要去執行一個，違反憲法的法律，我們這個七個原因 七個點，通通都是跟，立法院職權行使法 刑法，違憲有關的。)

(行政院發言人 陳世凱:
行政院在昨天(5)下午，收到立法院的函文之後，就立即做出了回應，我們送件的時間還沒有確定，總統那邊要多少時間可以核可，這個也不是我們能夠回答的。)

然而依照憲法規定，行政院收到立法院三讀通過的法案後，必須在10天內完成覆議程序，也繼受最晚要在14號星期五以前，經總統核可後才能移請立法院覆議。至於立法院則是必須在行政院的覆議案送達到的15天內，做成決議。。此外，4號通過的"原民禁伐補償條例"部分修正條文，針對明年開始，禁伐補償金額從每年每公頃3萬提升到6萬的部分，民進黨立法院黨團主張違憲，對此外界也好奇，行政院是否比照國會改革法案提出覆議，但行政院坦言，尚未進行討論。

(行政院政務委員 林明昕:
因為也還沒有送到我們這邊來，我們也還沒有辦法去做審慎的評估，憲政秩序也是一個 政治秩序，所以很多的問題點，也不是像法庭的攻防這樣，而是有一些政治上的討論空間的，所以還沒有發生的事情，我們也沒有辦法預料。)

行政院發言人陳世凱也表示，行政院提出覆議與否的標準只有一個，就是維護憲法、依法行政。若立法院審議的法案有違憲、窒礙難行的地方，行政院會邀請專家學者進行檢視和討論，如果有相關情況，將會依照憲法程序提出救濟。