有爭議的還有部分動保團體不滿農委會，推動移置生態熱區的遊蕩犬貓。不過林務局公布野生動物容易遭受攻擊騷擾的區域，強調犬貓傷害野生動物情形層出不窮，威脅到保育類動物生存，因此在生態熱區移置遊蕩犬貓刻不容緩。

野外遊蕩犬，被自動相機拍攝到追逐山羌、台灣獼猴，畫面更直接看到狗攻擊黑冠麻鷺又咬又甩。協助林務局在各地林管處調查的執行單位指出，野外遊蕩犬不只直接傷害野生動物，也可能會讓犬瘟熱與狂犬病等病毒，傳播風險大增。

(聲音來源 野聲環境生態顧問公司負責人 姜博仁：
這麼多年這樣(拍攝)就會感覺到，遊蕩犬越拍越多，以生態的角度而言，當然我們會覺得犬貓就是屬於外來入侵種，野外的自然棲地原則上，應該是不要有這些外來種，它就是野生動物原本生活的地方。)

而瀕臨絕種的東方草鴞，育雛時也遭遇遊蕩犬頻繁騷擾，公鳥只能不斷張開翅膀威嚇，黑狗後來甚至侵門踏戶，研究人員後來介入架設鐵絲圍網，才保住草鴞一家。另外林務局指出，保育類石虎慘遭遊蕩犬咬到頭破血流、肚破腸流，傷亡數字不斷攀升，認為將生態熱區的遊蕩犬移置，已成刻不容緩之事。

(農委會林務局保育組科長 鄭伊娟：
(野生動物)輕則受傷重則就是死亡，牠原本牠該有的棲息環境，就也會被擠壓到，擠壓到之下，這些瀕危的野生動物的數量一定會逐漸地減少。)

林務局指出野生動物受犬貓攻擊的熱點，如地圖上顯示的紅點較集中在苗栗、台中、南投等縣市的部分鄉鎮淺山地區，已經明顯壓縮到野生動物的棲息空間。林務局強調移置犬貓並非撲殺，而是讓犬貓與野生動物有各自的天地，珍貴脆弱的本土生態，亟需更積極保育。