來到南投清境農場，不管是青青草原、農特產攤販區、甚至是美食街，到處都可以看到蒼蠅，為了衛生問題，每個攤位除了裝設趕蠅器，攤商也擺放黏蠅紙，不過通常才剛放好，沒多久時間就黏滿了蒼蠅，攤商擔心不衛生會影響生意，遊客也認為，知名觀光景點蒼蠅太多，讓人感受不好。

(遊客：
對啊，感覺不好，感覺不好)

(攤商：
附近都有在種菜啊，種水果，他要施肥。)

周邊民宿業者和攤商指出，每年6至8月是清境當地夏季蔬果產期，有部分農民，偷偷將生雞糞肥料運上山，因為都是沒有發酵腐熟的生雞糞，才會導致蒼蠅大爆發，仁愛鄉公所目前仍持續宣導農民不要使用生雞糞，並加強相關區域消毒。

(南投縣仁愛鄉公所祕書 陳國雄  賽德克族：
我們建議我們的農民，有機肥的部分能夠多使用，減少這些蒼蠅 ，造成環境衛生上的困擾。)

南投縣府環保局則表示，南投縣5年前開始，禁止使用生雞糞，並在高度使用生雞糞地區，跟生雞糞主要來源地，彰化與名間交界的重要道路加強攔檢，若查獲違法載運生雞糞車輛，可依廢棄物清理法，處罰新台幣6000元以上、300萬元以下罰鍰，後續也將針對清境地區加強稽查。