衛福部針對台鐵408次太魯閣號出軌事故辦理賑災專款帳戶，捐款已累計超過8億元，為妥善運用捐款，衛福部成立管理監督委員會，12號召開第1次委員會議，公布善款運用七大方向。

(衛福部政務次長 李麗芬:
對於罹難者的遺屬 傷者及家屬，我們會希望能夠提供生活扶助，包括給予扶助金及必要的經濟支持，全民健康保險應給付的費用外，以及台鐵應該支付的醫療費用外，如果說這些傷者他還有需要的一些，醫療 復健 還有包括輔具，等等的醫療補助 我們會來提供協助。)

另外，捐款也包含對罹難者遺屬、傷者子女的教育資助、心理重建服務外，也會給付目睹乘客及救災人員心理撫慰金，提供相關心理諮商服務，並補助地方縣市政府，自行或結合民間團體辦理罹難者遺屬、傷者關懷支持的3年以上中長期服務。衛福部同時宣布，原訂4月30號前接受民眾捐款，將提早在15號截止。

(衛福部政務次長 李麗芬:
我們會在4月15日的0時，我們就會提早來停止(收款)，我們的民眾都非常有愛心，所以如果我們也希望透過捐款，來協助其他弱勢的民眾的話，也可以把金錢捐給其他的，都一直在第一線從事服務的團體。)

衛福部辦理"賑災專款帳戶"，成立管理監督委員會，除了召集人、副召集人為衛福部代表，交通部、教育部、原民會等相關部會也推派代表，加上5名公正社會人士，一同監督捐款運用。4月底前將邀集傷亡者縣市代表，每周開會討論捐款細部用途。