北農第一、第二果菜市場為大台北地區最重要的蔬果批發市場，每日人流量超過2.2萬人次，從5月20日爆發確診首例後，截至目前有20名員工、7名蔬果包裝派遣工、批發市場及零批場攤位承銷商18人，整個場域高達45人確診，對此，北市府緊急啟動北農2.0專案，由剝皮寮快篩團隊進駐。而柯文哲表示，北農是中南部來北市各區去批發，流動性太大，在疫調上因戶籍地不同而產生問題。

(台北市長 柯文哲:
我們過去的疫調，是以戶籍為根本，問題在北農這種案子，狀況完全不適用，因為我發現北農，台北農產公司感染確診的，台北市的占不到一半，新北基隆的一大堆)

為了防止疫情持續擴散，柯文哲指出，已和衛服部醫福會執行長王必勝、農委會副主委陳駿季溝通後，並表示，與其每週安排員工快篩，不如在3天內，對北農員工、委外廠商跟中南部的承銷商約4000人施打疫苗。

(台北市長 柯文哲:
因為北農大概總共裡面員工大概500人，那外面還有一個委外的廠商，那更外面還有中南部來的，承銷商 加總大概4000人，如果要每個禮拜做快篩，那不如 我們昨天討論完以後，我們有一個新的戰術，乾脆直接把這些4000人，全部打疫苗就解決掉了)

另外，北農因南北流動大，從5月爆發染疫至今已增加到了45人，目前將要緊急擴大篩檢和打疫苗圍堵病毒，針對北農是否該休市? 副市長黃珊珊則表示，不會休市。

(台北市副市長 黃珊珊:
北農非常的重要，它是負責大台北地區，所有蔬果的提供者，最重要的批發市場，所以第一目前為止，這些批發它畢竟是要，供應民生基本需求，所以目前為止我們會以，降載的方式，如果真的有狀況，我們會以降載的方式，但是不會到休市)

北市府表示，現在疫情狀況還在控制中，北農第一市場已恢復正常，第二市場則有9位員工確診，集中在同一區，其他區塊沒有任何感染，將爭取短時間把快篩和疫苗做好，希望在一個禮拜能讓疫情降溫。