損失補償基金會揭牌後，後續經費的運用也引起族人關注。因為過去就有部分族人質疑，這筆補償金在政府投注本金後，只能動支孳息，等同於看得到卻吃不到的大餅。不過基金會表示，未來會竭盡所能，運用這筆有限經費。前兩年會先以族人生活輔導跟文化業務為主，給予經費支持。

"蘭嶼核廢料貯存場使用原住民保留地損失補償基金會"8號正式揭牌，後續這筆經費該怎麼運用?族人都在關注。但其實能用經費，主要來自政府投注的25.5億本金孳息，基金會預估每年會有將近1000萬元可運用。

(蘭嶼補償基金會顧問 周貴光 雅美(達悟)族:
希望將這樣的一個費用，能夠非常合理地，來對鄉親來做更好的，所謂的社會福利工作 )

然而每年的孳息經費，可用在14種項目用途，執行起來卻相當有限，要動支本金的申報程序更不容易。不過基金會已先規劃今年到明年預算，優先著手島上族人的生活輔導。

(蘭嶼補償基金會董事長 黃碧妹 雅美(達悟)族:
我們的生活輔導這塊，那就是我們55歲以上的鄉親，能取得這樣生活的輔導這項，那再加上文化各項的經費挹注，那需要各個協會，各個部落提出一些需求 )

至於文化業務的經費挹注，基金會也將安排進入部落宣導，到時協會等組織有需要也能提出申請。

(蘭嶼補償基金會董事長 黃碧妹 雅美(達悟)族:
因為各個部落都有選出，各個部落的諮詢委員，也可以透過諮詢委員，來取得很多的一些資訊 )

基金會顧問周貴光表示，也有族人建議進行客輪採購，或是提供貸款支持部落產業等，對經費運用抱有許多期待，而未來基金會將尊重族人意見，把資源發揮到最大效益。