擁有78年歷史的玉山神學院，是培育神職人員的重要教育聖地，但在這次的403地震中也遭受波折，院內牆面跟地面都出現裂痕，院長表示，地震過後許多國內外牧者或是部落的兄弟姐妹，都相當關心學校的情況。

(玉山神學院院長 Walis Ukan 賽德克族:
地震之後呢，國內外的這些牧者們弟兄姊妹們，甚至也不一定是弟兄姊妹們，族裡的弟兄姊妹們，他們有不少的電話來信然後呢，在那個地方為了，玉山神學院的這個災後的重建，修建他們都很主動地，在那邊做奉獻，這個真的很讓我們，很感動的一個地方。)

2018年的0206地震就曾對學校造成部分毀損，而這次房屋龜裂以及地面下陷更是雪上加霜，加劇玉神校園安全的隱憂。

(玉山神學院院長 Walis Ukan  賽德克族:
所以在教室裡面很明顯就是那個，有幾間的確是必須要來把它修建，然後呢再來就是夫婦宿舍，也是比較明顯，夫婦宿舍的外面下陷那個問題，那個我們就趕快地處理，讓那個學生們，再遷到另外一個地方去，那目前呢像這個地方就是，男生宿舍，我們發現它的龜裂情況下陷的情況，又更嚴重了，還好我們就是在去年，我們早就已經做了緊急處理，緊急處理讓這個男生宿舍，暫時搬離到別的地方去。)

但因經費有限，無法緊急處理校園危機，而在歷經兩次地震後，校方希望可以有足夠預算去解決玉山神學院的災後復建。

(玉山神學院院長 Walis Ukan  賽德克族:
我們也知道，有這麼大一個困難在這裡，這個已經陷了兩年了，早已經有這種狀況在這裡了，但是我們真的沒有，那樣的經費可以來處理，所以我們很希望就是說，把這樣的需要這樣的困難呢，能夠讓我們大家都知道，我們也希望說透過大家的認識，來關心，屬於這個原住民的這個神學院的，這個地方能夠繼續維持下去。)

玉山神學院目前積極推動"原民圖書館典藏原民聖經書籍、玉山文教學會以及成立宣教與教會史料中心等，雖然遭遇403地震來襲，但仍希望持續強化當代傳道人的專業素養及原民特有的文化素養。