關於蘭嶼核廢補償基金會的設立，無疑是確認了轉型正義與歷史正義的階段性表現。從105年8月1日總統蔡英文向原住民族道歉之後，展開一系列真相調查及補償方式，並向外界公布真相，有學者表示，具有原住民族土地權益的保護與宣示意義。

105年8月1日，總統蔡英文為當年達悟雅美族人，在不知情的情況下將核廢料貯存在蘭嶼，代表政府向蘭嶼族人道歉，同時也特別要求相關部會提出真相調查報告及補償方式。同年10月，行政院訂定"蘭嶼核廢料貯存場設置真相調查小組設置要點"，由行政院政委林萬億擔任調查小組召集人，並邀集族人代表、相關部會、台電公司及學者專家成立調查小組進行真相調查。

(聲音來源 原民會主委 Icyang‧Parod (夷將‧拔路兒) 阿美族:
panirsirngen do yanminkay
這組成之後
我們在林萬億政委的代表下，我們總共開過4次的專案會議，那從這4次專案會議以外，我們特別在106年4月21日，親自到蘭嶼在地聽取蘭嶼族人，針對真相調查我們初步報告跟意見徵詢。)

原民會也向外界公布調查真相，得出了兩項結論。

(聲音來源 原民會主委 Icyang‧Parod (夷將‧拔路兒) 阿美族:
panirsirngen do yanminkay
在我們整個跟部落座談了解的時候，大部分的族人應該說全部都認為，我們的政府當時在規劃核廢料放置在蘭嶼的時候，很多族人是根本不知道這個事情，甚至在報告案裡面，有的人還認為聽到的訊息是當時政府要製作罐頭工廠。)

除了蘭嶼族人事前不知情外，真相調查報告更指出，蘭嶼貯存場選址及決策核定過程，歷經蔣經國先生及孫運璿先生2任行政院長，決策過程中以機密公文處理。

(聲音來源 促進轉型正義委員會兼任委員 蔡志偉 Awi Mona 賽德克族:
iing do 促轉會
目前的做法看起來，一方面是確認了轉型正義跟歷史正義的一個階段性的表現，另外一個也是能夠接軌到，國際人權公約對於原住民族土地權益的一種，保護跟保障的宣示意義在。)

蔡志偉也提醒，蘭嶼核廢料貯存與補償基金會的設立經驗，可以作為原則性通案的轉型正義實踐，未來也能持續呼籲提醒政府，在面對原住民族與轉型正義時，不可規避與忽視的實踐機制與方式。