一紙衛福部公文曝光，內容寫到，中央的"食品安全衛生標準"，具有全國一致性質，地方自治法規，不得較為嚴格或寬鬆，提醒地方政府，應在明年元旦放寬美豬進口前，檢討修正，否則將牴觸母法而失效。然而盤點全國，包括基隆市、台北市、台中市、彰化縣、嘉義市、雲林縣、台南市、台東縣，再到外島的連江縣等，都在"食品安全衛生管理自治條例"中，堅持瘦肉精零檢出。

面對中央的"善意提醒"，基隆市議長表示，不排除聯繫各地議會，表達反對。

(基隆市議長 蔡旺璉:
這個政令來得太突然，民意代表會感覺到說，我們為民喉舌的這種挫折，然後也會消弭到我們地制法的本意，跟它立法的精神)

28號立法院聯席會議中，針對中央地方萊豬"檢出標準"不同調，再度成為朝野質詢焦點。

(衛福部次長 薛瑞元 vs. 國民黨立法委員 Yosi Takun (孔文吉) 泰雅族:
即使中央政策規定這樣訂下來，他們的地方自治條例，還是要堅持瘦肉精零檢出，你將來行政命令有效嗎，目前的話我們正發文給地方政府，你可能在明年1月1號開始，如果我們所訂的安全容許殘留的量，這一個標準的話，開始實施的時候你可能會牴觸，那牴觸又能夠怎麼樣，你能夠拿它有什麼辦法，所以我們希望說，它在這一段時間來做檢討)

農委會主委陳吉仲甚至直言，全球要做到零檢出，幾乎不可能，因此重點不在"零檢出"，而是回到食品安全的劑量標準。

(農委會主委 陳吉仲 vs. 民進黨立法委員 邱議瑩:
針對每個地方政府，如果要堅持零檢出，如果只針對豬而不針對牛，我想這個在科學上是有點奇怪，可是如果全部都是(零檢出)，那所有的牛排館就要關掉，所以我才會說，所以這個邏輯非常奇怪嘛，重點還是回到不是零檢出，重點還是回到剛剛，郭正光博士講的劑量，食品安全最後講的還是在於那個劑量)

公文曝光後，行政院也跳出來澄清，行政院及衛福部10月26號函請部分縣市政府，在1個月內"陳述意見"，而非要求"修改"自治條例，未來行政院收到地方政府回覆後，會再討論後續作為。