蘇花改沿線多數路段速限每小時都是70公里，唯獨花蓮縣境內的仁水隧道速限為50公里，加上區間測速多，造成駕駛擔心超速而龜速通過，引發許多用路人抱怨。公路總局第四區養護工程處指出，為持續提升蘇花改整體車流運行效率，且在符合原設計速率及法規規範下，規劃仁水隧道提高速限，自2月18日起，仁水隧道提高速限至60公里，提速路段為155.3至157.7公里處。

第四區養護工程處指出，考量隧道兩端銜接段受道路線形條件及銜接舊蘇花公路路口等因素，隧道兩端洞口前後的路段約250公尺，維持原速限50公里，在隧道出口並設有「前方速限降低」標誌，請用路人遵守速限標誌維持行車安全，同時也提醒用路人，仁水隧道旁有機車道，行經仁水隧道路段請留意路側速限標誌，並請依速限行駛，切勿超速。